Le maître du portail, accompagné de Flynn, Hugo et d'autres en cours de route, fait courir le capitaine Frightbeard, le méchant de la version 3DS, jusqu'au coffre de l'exil. Il y a 10 000 ans, les Arkeyens ont enfermé le capitaine Barbe-effroi et son équipage dans le coffre, son épée faisant office de verrou. Cependant, Frightbeard a trouvé une issue et est sur le chemin du retour pour libérer son équipage et faire des ravages sur tous les Skylands.
Toutes les figurines Skylanders Spyro's Adventure, Skylanders Giants et Skylanders SWAP Force fonctionnent avec Skylanders Trap Team.
