Les joueurs incarnent l'un des deux personnages principaux, Zen et Kaede. La ville principale propose différents menus. Certains permettent aux joueurs d'équiper des outils ninja tels que des chausse-trappes, des mines, des shurikens, des potions, des bombes fumigènes, etc., tandis que d'autres leur permettent d'accepter des missions des trois daimyou principaux. Au fur et à mesure qu'ils progressent dans l'histoire, les joueurs ont le choix du daimyou qu'ils souhaitent aider, et ils sont encouragés à n'aider que ce daimyou, en encourageant trois parties distinctes.
