Tout comme les quatre générations auparavant, le joueur contrôle le jeune protagoniste via une vue aérienne et le dirige dans l'ensemble de la région fictive d'Unys. Son but est de capturer, d'entraîner et de faire combattre des créatures fictives appelées Pokémon afin d'obtenir le titre de « Maître Pokémon ». Il doit également déjouer les plans de l'organisation criminelle, appelée Team Plasma. L'objectif ultime est de compléter le Pokédex par l'obtention des 156 nouveaux Pokémon de la région. Contrairement aux jeux précédents, aucun Pokémon des générations antérieures n'est disponible, jusqu'à l'obtention du « Pokédex National ». Les versions noire et blanche sont quasiment identiques, avec approximativement la même histoire, seuls certains Pokémon sont exclusifs à une cartouche.
