Dans Harvest Moon 3D : The Lost Valley, les joueurs découvriront pour la première fois une simulation de ferme dans un environnement tridimensionnel. Le jeu propose un monde entièrement personnalisable et les joueurs peuvent personnaliser leur terrain comme bon leur semble : d'un champ rempli de tulipes à une vallée remplie d'eau, le choix vous appartient. Vous n'avez jamais joué à un jeu Harvest Moon comme celui-ci !
Un jour, en parcourant les montagnes, vous êtes pris dans une tempête de neige inattendue et vous trouvez un abri à l'aide d'une voix faible. À votre réveil, vous trouvez et aidez un gentil Sprite des récoltes enfoui sous la neige, qui vous dit que toutes les saisons de la vallée ont disparu, à l'exception de l'hiver. Pour ramener les quatre saisons dans la vallée, vous aurez besoin de l'aide des villageois, des Sprites des Moissons, de la Déesse des Moissons et même du Roi des Enfers !
